만성 염증성 장 질환을 치료하기 위해서는 영양적 치료 외에 약물요법이 적절히 병행해야 한다. 하지만 필요시 수술요법도 함께 시행하여야 한다. 염증 조절을 조절하고 조직 재생을 위한 약물치료에는 설파살라진, 코르티코스테로이드와 같은 소염제와 항균제, 면역 억제제를 사용할 수 있다. 그러나 설파살라진은 엽산의 흡수를 저해하기 때문에 장기간 사용 시 하루 1mg의 엽산 보충을 해야 한다. 또한 코르티코스테로이드도 소장에서 칼슘과 단백질의 흡수를 낮추어 주므로 장기간 복용 시 영양불량, 저단백혈증 및 골다공증의 유발을 가져올 수 있다. 따라서 골다공증을 예방하기 위하여 칼슘과 비타민 D를 보충해야 한다.
약물요법이나 식사요법으로 염증이 치료되지 않을 경우 손상 부위 절제 수술을 해야 한다. 특히 궤양 부위가 한곳에 집중되었을 경우에는 수술 요법이 효과적이다. 만성 염증성 장 질환의 수술요법으로는 결장조루술과 회장조루술이 있다. 결장조루술은 질환이나 장폐색 때문에 대장을 절제해야 할 때 시행할 수 있다. 남아 있는 장 길이와 위치에 따라서 위를 통과한 음식물의 흡수 정도가 달라지게 된다. 결장조루술이 행해진 위치에 따라 식사관리가 달라지는데, 횡행 · 하행결장을 절제하는 경우, 결장의 기능이 어느 정도 남아 있기 때문에 수분 손실이 상대적으로 적게 되고 배변 조절도 가능하다. 그러나 상행 결장을 절제한 후에는 묽은 변 상태로 배설되기 때문에 수분과 전해질의 손실이 크게 된다. 대부분의 환자는 수술 후 일반식 섭취가 가능한데, 가스발생이나 묽은 변 유발 식품만 제한하도록 한다. 회장조루술은 결장과 직장 전체를 제거해야 할 때 시행하는데, 변은 결장조루술에서보다 훨씬 묽어지게 된다. 수술 후 초기에는 수분, 염분, 기타 무기질이 많이 손실되지만, 남아 있는 장의 길이에 따라 흡수율이 달라지는 적응현상이 나타나기 때문에 결국은 수분과 전해질의 균형이 이루어지게 된다.
수술 후 영양관리는 결장조루나 회장조루 자체가 질환이 아니기 때문에 모든 음식을 골고루 섭취하는 것이 좋다. 수술 초기에는 고단백식으로 제공하고 규칙적인 배변을 위해서는 규칙적으로 식사를 하는 것이 중요하다. 수술 초기에는 평상시 문제없던 식품도 소화불량이나 설사 증세 등 부작용을 가져올 수도 있기 떄문에 한 가지씩 먹어보면서 체크를 해야 한다. 결장조루술이나 회장조루술을 시행한 환자의 식사지침으로는 하루 3끼 이상 규칙적으로 식사하면서 배변습관을 규칙적으로 만들어 주는 것이 좋다. 또 소화 흡수를 돕고 시술한 부위가 막히지 않도록 하기 위해서 음식을 잘 씹어 먹어야 한다. 탈수와 변비를 방지하기 위해서는 수분을 충분히 섭취하도록 한다. 그리고 장기능에 지장이 없도록 하기 위해서 과도하게 체중이 늘어나지 않도록 조절한다. 가스를 발생시키는 식품이나 변을 묽게 하는 식품, 그리고 완전 소화가 안 되는 식품은 되도록 제한하는 것이 좋다. 가스를 발생시키는 식품으로는 콩류, 양파, 양배추, 아스파라거스, 브로콜리, 콜리플라워, 싹양배추 등이 있다. 변을 묽게 하는 식품으로는 사과 주스, 포도 주스, 오얏 주스(prune juice), 양념이 많은 식품 등이 있다. 완전 소화가 안 되는 식품으로는 셀러리, 양송이, 조미료, 견과류(호두, 밤, 개암 등), 상 추, 양배추, 오이, 코코넛, 완두, 종실류(깨, 해바라기씨 등), 옥수수, 팝콘, 파인애플, 시금치, 건포도와 같은 말린 과일, 채소 및 과일의 껍질, 올리브, 피클 등이 있다. 밤중에 배변 횟수가 늘어나지 않도록 저녁식사를 조금만 한다. 각각 식품을 섭취하는 것이 괜찮은지 확인할 수 있도록 한 번에 한 가지씩만 새로운 식품을 섭취하는 것이 좋다.
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